1) AFLP (бактерии, археи, грибы, растения) с использованием флуоресцентно меченных праймеров и капиллярного электрофореза;
2) Макрорестрикционный анализ геномов бактерий (с использованием пульс-фореза);
3) Кластерный анализ фингерпринтов (Bionumerics)