ФГБНУ ВНИИСХМ
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии"
- Версия для слабовидящих
Освоение технологии секвенирования Oxford Nanopore, а также методик работ с данными, получаемыми в ходе секвенирования, позволяет ставить амбициозные задачи. Среди текущих проектов - полное секвенирование генома нескольких образцов гороха, секвенирование генома дикорастущего родственника гороха вавиловии прекрасной (Vavilovia formosa (Stev.) Fed.) (в сотрудничестве с лаб. Микробиологического мониторинга и биоремедиации почв ФГБНУ ВНИИСХМ), а также секвенирование геномов микросимбионтов гороха - клубеньковых бактерий Rhizobium leguminosarum bv. viciae (Afonin et al., 2020b). В ходе недавней работы были отобраны штаммы клубеньковых бактерий, способные преодолевать мутации в некоторых симбиотических генах гороха (т.е. образовывать нормальные клубеньки на мутантных растениях, которые при взаимодействии с обычными штаммами формируют клубеньки, не фиксирующие азот) (Afonin et al., 2022). Исследование их геномов позволит выявить детерминанты, позволяющие бактериями преодолевать генетически запрограммированный блок развития клубеньков у мутантных линий гороха. Развитие этого направления позволит понять эволюцию механизмов специфичности взаимодействия клубеньковых бактерий с бобовыми растениями.
В недавней работе при помощи секвенирования по технологии Oxford Nanopore впервые в мире описан профиль метилирования генома клубеньковых бактерий в свободноживущем состоянии и в симбиотической форме, называемой бактероиды (Afonin et al., 2021b).
Данный блок работ осуществляется в рамках задач НЦМУ «Агротехнологии будущего».