Лаборатория микробиологического мониторинга и биоремедиации почв №2

Лаборатория микробиологического мониторинга и биоремедиации почв №2

Заведующий лабораторией : Андронов Евгений Евгеньевич

Телефон: +7 (812) 466 59 79

Лаборатория  является преемником лаборатории почвенной микробиологии, которая была организована в 1930 г со дня основания ВНИИСХМ. Инициатором создания и первым руководителем ее является академик С. П. Костычев. Под его руководством впервые были организованы систематические исследования динамики микрофлоры и микробиологических процессов  почв Советского Союза. Впоследствии многолетние исследования лаборатории были обобщены Н.М. Лазаревым  и выразились в создании модели функционирования биоорганоминерального комплекса почвы.   С 1967 года  внимание лаборатории было сосредоточено на изучении  взаимодействия  почвенных микроорганизмов и пестицидов. Были проведены обширные исследования влияния пестицидов на  разнообразие   почвенных микроорганизмов и биохимические процессы  круговорота углерода и азота в почве, а также  симбиоз бобовых растений и клубеньковых бактерий. Разработаны микробиологические методы индикации пестицидов  и биоремедиации загрязненных пестицидами почв. В 90-е годы 19 столетия лаборатория начала систематические исследования разнообразия  микрофлоры почв и влияния на ее формирование  различных агротехнических мероприятий, используя новые  подходы и  методы анализа принятые в экологии.   В последние годы   в лаборатории развиваются методические приемы молекулярно-генетического анализа  метагенома почвенного микробиома, которые используются для изучения таксономического разнообразия микрофлоры почвы и влияния антропогенных и природных факторов на ассоциацию почвенных микроорганизмов. Основными подходами является комплекс современных методов работы с почвенными ДНК и РНК, включая высокопроизводительное секвенирование, ПЦР с детекцией в реальном времени и анализ данных с использованием современных подходов биоинформатики. В 2015 году группа молодых ученых из лаборатории (Першина Елизавета и Иванова Екатерина) вместе со своими молодыми коллегами из Почвенного института им. В.В. Докучаева были удостоены премии правительства России за работы в области исследования почвенного микробиома.

Сотрудники

Гранты

  1. НЦМУ "Агротехнологии Будущего", темы "Создание инструментов цифрового картирования почв посредством сравнительного исследования их микробиомного разнообразия и динамики, а также выявления метагеномных маркеров ключевых факторов плодородия", "Исследование метагеномов природных целлюлозолитических ассоциаций и создание на их основе технологий и высокоэффективных микробиологических препаратов для переработки пожнивных остатков сельскохозяйственных культур."
  2. Проект РНФ № 19-16-00081, 2019-2023. Популяционная геномика клубеньковых бактерий – ключ к расшифровке механизмов ко-эволюции прокариот и эукариот, рук. Проворов Н.А.
  3. Проект РНФ № 23-16-00147, 2023-2025. Метагеномные технологии в разработке и использовании ассоциативных микробных препаратов для разложения растительных остатков, рук. Андронов Е.Е.

Публикации

  1. Zverev A.O., Gladkov, G.V., Kimeklis A.K., Kichko A.A., Andronov E.E., Abakumov E.V. Microbial Composition on Abandoned and Reclaimed Mining Sites in the Komi Republic (North Russia) // Microorganisms. 2023. Vol. 11. No 3. P. 720 DOI 10.3390/microorganisms11030720
  2. Kimeklis A.K., Gladkov G.V., Orlova O.V., Afonin A.M., Gribchenko E.S., Aksenova T.S., Kichko A.A., Pinaev A.G., Andronov E.E. The Succession of the Cellulolytic Microbial Community from the Soil during Oat Straw Decomposition // Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 6342. DOI 10.3390/ijms24076342
  3. Zverev A.O., Kurchak O.N., Orlova O.V. Onishchuk O.P., Kichko A.A., Eregin A.V., Naliukhin A.N, Pinaev A.G., Andronov E.E. Dynamic of the Soil Microbiota in Short-Term Crop Rotation // Life. 2023. 13. 400. DOI 10.3390/life13020400
  4. Gladkov G.V., Kimeklis A.K., Afonin A.M., Lisina T.O., Orlova O.V., Aksenova T.S., Kichko A.A., Pinaev A.G., Andronov E.E. The Structure of Stable Cellulolytic Consortia Isolated from Natural Lignocellulosic Substrates // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23. No 18. P. 10779. DOI 10.3390/ijms231810779
  5. Zverev A.O., Kimeklis A.K, Kichko A.A., Gladkov G.V., Andronov E.E., Abakumov E.V. Microbial Features of Mature and Abandoned Soils in Refractory Clay Deposits // BMC Microbiology. 2022. Vol. 22. No 1. P. 237. DOI 10.1186/s12866-022-02634-7
  6. Ivanova E., Vasilyeva N., Vladimirov A., Ksenofontova N., Abakumov E., Zverev A., Andronov E., Kostenko I. The shifts in the structure of the prokaryotic community of mountain-grassland soil under the influence of artificial larch plantations // PLoS ONE. 2022. Vol. 17. No 2. P. 0263135. DOI 10.1371/journal.pone.0263135
  7. Kimeklis A.K., Gladkov G.V., Tembotov R.H., Kichko A.A., Pinaev A.G., Hosid S.L., Andronov E.E., Abakumov E.V. // One Ecosystem. 2022. Vol. 7. P. 83756. DOI 10.3897/oneeco.7.e83756
  8. Kichko A.A., Gladkov G.V., Ulianich P.S., Safronova V.I., Pinaev A.G., Sekste E.A., Belimov A.A., Andronov E.E. Water Deficit, Cadmium and Plant Genotype Modulate Rhizosphere Microbiome of Pisum sativum L // Plants. 2022. Vol. 11. No 22. P. 3013. DOI 10.3390/plants11223013
  9. Korvigo I.A., Igolkina A.A., Kichko A.A., Aksenova T.S., Andronov E.E. Be aware of the allele-specific bias and compositional effects in multi-template PCR // PeerJ. 2022. Vol. 10. P. 13888. DOI 10.7717/peerj.13888
  10. Provorov N.A., Andronov E.E., Kimeklis A.K., Onishchuk O.P., Igolkina A.A., Karasev E.S. Microevolution, speciation and macroevolution in rhizobia: Genomic mechanisms and selective patterns // Frontiers in Plant Science. 2022. Vol. 13. P. 1026943. DOI 10.3389/fpls.2022.1026943
  11. Abakumov E.V., Zverev A.O., Kichko A.A., Kimeklis A.K., Andronov E.E. Soil microbiome of different-aged stages of self-restoration of ecosystems on the mining heaps of limestone quarry (Elizavetino, Leningrad region). Open Agriculture. Vol. 6. No. 1. 2021. P. 57-66.DOI 10.1515/opag-2020-0207
  12. Zverev AO, Kichko AA, Pinaev AG, Provorov NA, Andronov EE. Diversity Indices of Plant Communities and Their Rhizosphere Microbiomes: An Attempt to Find the Connection // Microorganisms. 2021. Vol. 9. No 11. DOI 10.3390/microorganisms9112339
  13. Kimeklis A.K, Gladkov G.V., Zverev A.O., Kichko A.A., Andronov E.E., Ergina E.I., Kostenko I.V., Abakumov E.V. Microbiomes of different ages in Rendzic Leptosols in the Crimean Peninsula. PeerJ 9:e10871 DOI 10.7717/peerj.10871
  14. Provorov, N. Genetic individuality and interspecies altruism: modelling symbiogenesis using different types of symbiotic bacteria // Biological Communications. 2021. Vol. 66. No 1. P. 66-72. DOI 10.21638/spbu03.2021.108
  15. Young JPW, Moeskjær S, Afonin A, Rahi P, Maluk M, James EK, Cavassim MIA, Rashid MH-o, Aserse AA, Perry BJ, Wang ET, Velázquez E, Andronov EE, Tampakaki A, Flores Félix JD, Rivas González R, Youseif SH, Lepetit M, Boivin S, Jorrin B, Kenicer GJ, Peix Á, Hynes MF, Ramírez-Bahena MH, Gulati A, Tian C-F. Defining the Rhizobium leguminosarum Species Complex // Genes. 2021. Vol. 12. No 1. P. 1-26. DOI 10.3390/genes12010111

Подписаться на рассылку ВНИИСХМ

Что будем искать?