Лаборатория микробиологического мониторинга и биоремедиации почв

Лаборатория микробиологического мониторинга и биоремедиации почв

Лаборатория  является преемником лаборатории почвенной микробиологии, которая была организована в 1930 г со дня основания ВНИИСХМ. Инициатором создания и первым руководителем ее является академик С. П. Костычев. Под его руководством впервые были организованы систематические исследования динамики микрофлоры и микробиологических процессов  почв Советского Союза. Впоследствии многолетние исследования лаборатории были обобщены Н.М. Лазаревым  и выразились в создании модели функционирования биоорганоминерального комплекса почвы.   С 1967 года  внимание лаборатории было сосредоточено на изучении  взаимодействия  почвенных микроорганизмов и пестицидов. Были проведены обширные исследования влияния пестицидов на  разнообразие   почвенных микроорганизмов и биохимические процессы  круговорота углерода и азота в почве, а также  симбиоз бобовых растений и клубеньковых бактерий. Разработаны микробиологические методы индикации пестицидов  и биоремедиации загрязненных пестицидами почв. В 90-е годы 19 столетия лаборатория начала систематические исследования разнообразия  микрофлоры почв и влияния на ее формирование  различных агротехнических мероприятий, используя новые  подходы и  методы анализа принятые в экологии.   В последние годы   в лаборатории развиваются методические приемы молекулярно-генетического анализа  метагенома почвенного микробиома, которые используются для изучения таксономического разнообразия микрофлоры почвы и влияния антропогенных и природных факторов на ассоциацию почвенных микроорганизмов. Основными подходами является комплекс современных методов работы с почвенными ДНК и РНК, включая высокопроизводительное секвенирование, ПЦР с детекцией в реальном времени и анализ данных с использованием современных подходов биоинформатики. В 2015 году группа молодых ученых из лаборатории (Першина Елизавета и Иванова Екатерина) вместе со своими молодыми коллегами из Почвенного института им. В.В. Докучаева были удостоены премии правительства России за работы в области исследования почвенного микробиома.

Сотрудники

  • Андронов Евгений Евгеньевич

    Андронов Евгений Евгеньевич

    Заведующий лабораторией, к.б.н.

Круглов Ю.В. главный научный сотрудник, д.б.н., профессор

Архипченко И. А. ведущий научный сотрудник, д.б.н., профессор

Проворов Н.А. зам. директора ВНИИСХМ, д.б.н.

Орлова О. В. ведущий научный сотрудник, д.б.н.

Онищук О. П. ведущий научный сотрудник, к.б.н.

Першина Е. В. старший научный сотрудник, к.б.н.

Иванова Е. А. старший научный сотрудник, к.б.н.

Чижевская Е. П. старший научный сотрудник, к.б.н.

Аксенова Т. С. инженер-исследователь

Антонец К. С. инженер-исследователь

Денисова Е. В. инженер-микробиолог

Зверев А. О. инженер-исследователь, аспирант

Иголкина А. А. инженер-исследователь,

Кимеклис А. К. инженер-исследователь, аспирант

Кичко А. А. инженер-исследователь,

Копать В. В. инженер-исследователь, аспирант

Корвиго И. О. инженер-исследователь

Лисина Т. О. научный сотрудник

Медведева А. Ю. инженер-микробиолог

Мятлик Н. В. инженер-микробиолог

Чирак Е. Р. инженер-исследователь

Чирак Е. Л. инженер-исследователь

Тамазян Г. С. инженер-исследователь

Филиппова В. А. инженер

Шапкин М. П. инженер

Шапкин В.М. лаборант

Гранты

  1. Грант РФФИ № 12-04-01371-а Основные факторы, влияющие на формирование структуры почвенного микробиома по данным высокопроизводительного секвенирования 2012-1014 гг. Рук. Андронов Е.Е.
  2. Грант РНФ № 14-26-00094 Анализ генетического и эволюционного потенциала почвенного микробиома для повышения продуктивности растений и плодородия почв 2014-2015гг. Рук. Проворов Н.А.

Публикации

  1. Е. Е. Андронов, С. Н. Петрова, А. Г. Пинаев, Е. В. Першина, С. Ж. Рахимгалиева, К. М. Ахмеденов, А. В. Горобец, Н. Х. Сергалиев. Изучение структуры микробного сообщества почв разной cтепени засоления с использованием T-RFLP и ПЦР c детекцией в реальном времени. 2012. Почвоведение. №2.
  2. Першина Е.В., Тамазян Г.С., Дольник А.С., Пинаев А.Г., Сергалиев Н.Х., Андронов Е.Е. Изучение структуры микробного сообщества засоленных почв с использованием высокопроизводительного cеквенирования. 2012. Экологическая генетика.
  3. Проворов Н.А., Андронов Е.Е., Онищук О.П., Курчак О.Н., Чижевская Е.П. Генетическая структура интродуцированных и местных популяций Rhizobium leguminosarum в системах «растение-почва». 2012. Микробиология. №2. С. 244-253.
  4. Мунтян А.Н., Андронов Е.Е., Белова В. С., Румянцева М. Л., Симаров Б.В.Сопряженные симбиотические популяции. Часть I: анализ генетического разнообразия ризобиального компонента. Экологическая генетика. 2012. Т. 10. № 1. С. 3-11.
  5. Порозов Ю.Б., Мунтян А. Н., Чижевская Е. П., Симаров Б. В., Андронов Е. Е. Сопряженные симбиотические популяции. Чаcть II: анализ полиморфизма рецепторного гена nfr5 с использованием молекулярного докинга. Экологическая генетика. 2012. Т. 10. № 1. С. 12-18.
  6. Чирак Е.Л., Першина Е.В., Дольник А.С., Кутовая О.В., Василенко Е.С., Когут Б.М., Мерзлякова Я.В., Андронов Е.Е. Таксономическая структура микробных сообществ в почвах различных типов по данным высокопроизводительного секвенирования библиотек гена 16S-рРНК/ Сельскохозяйственная биология – 2013 - №3 – с.100-109
  7. Думова В.А., Першина Е.В., Мерзлякова Я.В., Круглов Ю.В., Андронов Е.Е. Основные тенденции в формировании микробного сообщества почвы в условиях стационарного полевого опыта РГАУ-МСХА по данным высокопроизводительного секвенирования библиотек гена 16S рРНК/Сельскохозяйственная биология – 2013 - №5 – с.85-92
  8. Е.В. Першина, А.С.Дольник, А.Г.Пинаев, Е.Е. Андронов Концепция таксономического пространства и интегральная оценка сдвигов в структуре микробных сообществ по данным анализа библиотек гена 16S-рРНК. // Сельскохозяйственная биология -2013 - №4 – с.76-87
  9. Андронов Е. Е., Онищук О. П., Курчак О. Н., Проворов Н. А. Изменение популяционной структуры ризобий клевера (Rhizobium leguminosarum bv. trifolii) при переходе из почвы в клубеньковую нишу // Микробиология. 2014. T. 83. № 4. С. 500-508
  10. Андронов Е.Е., Чижевская Е.П., Пинаев А.Г., Павлов С.А. Молекулярный анализ микологического повреждения древесины // Сельскохозяйственная биология.- 2013.- №5, C. 118-121.
  11. Иголкина А.А., Андронов Е.Е., Порозов Ю.Б. Метод поиска субстратспецифичных областей ферментов класса целлюлаз на основании их первичной и третичной структур // Биоинформатика // 2013, №2, 407-418
  12. Проворов Н.А., Жуков В.А., Курчак О.Н., Онищук О.П., Андронов Е.Е., Борисов А.Ю., Чижевская Е.П., Наумкина Т.С., Овцына А.О., Воробьёв Н.И., Симаров Б.В., Тихонович И.А.. Совместная миграция клубеньковых бактерий и бобовых растений в новые местообитания: механизмы коэволюции и практическое значение (обзор). Прикладная биохимия и микробиология // 2013, том 49, № 3, с. 229–235.
  13. Скопина М.Ю., Чижевская Е.П., Андронов Е.Е., Пиневич А.В. Анализ генов белков клеточного деления у цианобактерии Pleurocapsa sp. и прилежащих к ним генов // Экологическая генетика // 2013. Т.XI. №1. С. 69-76.
  14. Когут Б.М, Мерзлякова Я.В., Андронов Е.Е. Таксономическая структура микробных сообществ в почвах различных типов по данным высокопроизводительного секвенирования библиотек гена 16S-рРНК // Сельскохозяйственная биология, 2013, № 3, с. 100-109
  15. Кутовая О. В., Лебедева М. П., Тхакахова А. К., Иванова Е. А., Андронов Е. Е. Метагеномная характеристика биологического разнообразия крайнеаридных пустынных почв Казахстана // Почвоведение – 2015 - №3 - С. 554-561
  16. Иванова Е. А., Кутовая О. В., Тхакахова А. К., Чернов Т. И., Першина Е.В., Маркина Л.Г., Андронов Е. Е., Когут. Б.М. Структура микробного сообщества агрегатов чернозема типичного в условиях контрастных вариантов сельскохозяйственного использования // Почвоведение  - 2015- №11 - C. 1–16.
  17. Онищук О.П., Курчак О.Н., Чижевская Е.П., Проворов Н.А., Симаров Б.В.  Популяционный  полиморфизм клубеньковых бактерий люцерны (Sinorhizobium meliloti) по генам симбиотической эффективности и конкурентоспособности // Сельскохозяйственная биология. 2015. Т.50. № 3. С.339-344.
  18. Румянцева  М.Л., Степанова  Г.В., Курчак  О.Н., Онищук О.П., Мунтян В.С., Дзюбенко Е.А., Дзюбенко Н.И., Симаров Б.В.  Отбор солеустойчивых растений разных  видов люцерны (Medicago L.) и анализ их морфобиологических и симбиотрофных показателей. // Сельскохозяйственная биология. 2015. Т.50.№5. С.673-684.
  19. Круглов Ю.В.  Микробное сообщество почвы: физиологическое разнообразие // Сельскохозяйственная  биология – 2015 -  № 5
  20. Д. Г. Матишов,В. В. Стахеев, Е. Л. Чирак, Г. Ю. Глущенко Метагеномный анализ структуры бактериального сообщества Азовского моря // Океанология – 2015 - том  55,  No  5 - с.  770–775
  21. Орлова О.В., Андронов Е.Е., Воробьев Н.И., Колодяжный А.Ю., Москалевская Ю.П., Патыка Н.В., Свиридова О.В. Состав и функционирование микробного сообщества при разложении соломы злаковых культур в дерново- подзолистой почве // Сельскохозяйственная Биология – 2015 – Т. 50, №3 – с. 305-314
  22. Сафронова В.И., Сазанова А.Л., Кузнецова И.Г., Попова Ж.П., Гришечкина С.Д., Ермолова В.П., Андронов Е.Е. Полногеномное секвенирование и сравнительный анализ генов «домашнего хозяйства» и вирулентности у коммерческих штаммов Bacillus thuringiensis с энтомоцидным действием // Сельскохозяйственная Биология – 2015 – Т. 50, №3 – с. 332-338
  23. Тихонович И.А., Андронов Е.Е., Борисов А.Ю., Долгих Е.А., Жернаков А.И., Жуков В.А., Проворов Н.А., Румянцева М.Л., Симаров Б.В. Принцип дополнительности геномов в расширении адаптационного потенциала растений // Генетика – 2015 – Т. 51, №  9  - С. 973
  24. Андронов Е.Е., Иголкина А.А., Кимеклис А.К., Воробьев Н.И., Проворов Н.А. Характеристика естественного отбора в популяциях клубеньковых бактерий (Rhizobium leguminosarum), взаимодействующих с различными видами растений-хозяев // Генетика – 2015 – Т. 51, №  10  - С. 1108
  25. Сергалиев Н.Х., Какишев М.Г., Жиенгалиев А.Т., Володин М.А., Андронов Е.Е., Пинаев А.Г. Применение нового метода очистки днк микробиоты каштановых почв западно-казахстанской области для метагеномного анализа // Почвоведение – 2015 - №4 - С. 479
  26. J. Österman, E. P. Chizhevskaja, E. E. Andronov, D. P. Fewer, Z. Terefework, M. L. Roumiantseva, O. P. Onichtchouk, A. Dresler-nurmi, B. V. Simarov, N. I. Dzyubenko, K. Lindström . Galega orientalis is more diverse than Galega officinalis in Caucasus - whole-genome AFLP analysis and phylogenetics of symbiosis-related genes. 2011 // Molecular ecology. №22. P. 4808–4821
  27. Safronova V.I., Piluzza G., Zinovkina N.Y., Kimeklis A.K., Belimov A.A., Bullitta S. Relationships between pasture legumes, rhizobacteria an nodule bacteria in heavy metal polluted mine waste of SW Sardinia // Symbiosis, 2012, Volume 58, Issue 1-3, pp 149-159
  28. Abscisic acid metabolizing rhizobacteria decrease ABA concentrations in planta and alter plant growth Andrey A. Belimov, E-mail the corresponding author, Ian C. Dodd,  Vera I. Safronova, Valentina A. Dumova, , Alexander I. Shaposhnikov,  Alexander G. Ladatko, William J. Davies // Plant Physiology and Biochemistry Volume 74, January 2014, Pages 84–91
  29. Safronova VI, Kimeklis AK, Chizhevskaya EP, Belimov AA, Andronov EE, Pinaev AG, Pukhaev AR, Popov KP, Tikhonovich IA. Genetic diversity of rhizobia isolated from nodules of the relic species Vavilovia formosa (Stev.) Fed. // Antonie Van Leeuwenhoek. 2014 Feb;105(2):389-99.
  30. Safronova V.I., Kuznetsova I.G., Sazanova A.L., Kimeklis A.K., Belimov A.A., Andronov E.E., Pinaev A.G., Chizhevskaya E.P., Tikhonovich I.A., Pukhaev A.R., Popov K.P., Willems A. Bosea vaviloviae sp. nov., a new species of slow-growing rhizobia isolated from nodules of the relict species Vavilovia formosa (stev.) fed. // Antonie Van Leeuwenhoek – 2015 – Т. 107, № 4 - р.911-920
  31. Safronova VI, Kuznetsova IG, Sazanova AL, Kimeklis AK, Belimov AA, Andronov EE, Pinaev AG, Pukhaev AR, Popov KP, Akopian JA, Willems A, Tikhonovich IA. Extra-slow-growing Tardiphaga strains isolated from nodules of Vavilovia formosa (Stev.) Fed. // Arch Microbiol. - 2015 - №197(7) – р. 889-98
  32. Чернов Т. И., Тхакахова А. К., Иванова Е. А., Кутовая О. В.             Сезонная динамика почвенного микробиома многолетнего агрохимического опыта на черноземах Каменной степи // Почвоведение – 2015 -  №12 в печати
  33. Elizaveta Pershina, Jari Valkonen, Päivi Kurki, Ekaterina Ivanova, Evgeny Chirak, Ilia Korvigo, Nykolay Provorov, Evgeny Andronov. Comparative analysis of prokaryotic communities associated with organic and conventional farming systems. 2015. PLOS one.

Подписаться на рассылку ВНИИСХМ

Что будем искать?