1) количественное определение основных групп микроорганизмов в ДНК/РНК, выделенной из окружающей среды с использованием ПЦР с детекцией в реальном времени (бактерии, археи, грибы);
2) таксономический анализ структуры микробиоты с использованием метода T-RFLP (ДНК/РНК) (бактерии, археи, грибы), кластерный анализ выявленных профилей (Bionumerics);
3) таксономический анализ видовой структуры микробиоты (бактерии, археи, грибы) с использованием частичного секвенирования библиотек (ДНК/РНК) таксономиечески значимых генов с предварительным RFLP-скринингом библиотеки клонов;
4) таксономический анализ видовой структуры микробиоты (бактерии, археи, грибы) с использованием полного секвенирования библиотек (ДНК/РНК) таксономиечески значимых генов с использованием пиросеквенирования (до 10 000 нуклеотидных последовательностей на образец, Junior GS);