Изучение транскриптома при помощи РНК-секвенирования позволяет продвинуться в понимании особенностей реализации наследственной информации при развитии надорганизменных систем, образуемых горохом посевным. Данные секвенирования транскриптомов различных сортов и линий гороха активно используются для создания молекулярных маркеров и анализа генов-кандидатов на роль симбиотических генов, идентифицированных в ходе мутационного анализа (Zhernakov et al., 2017, Zhernakov et al., 2019). В 2017 году создана база данных, объединяющих информацию по 15 000 ген-специфичным молекулярным маркерам гороха посевного и облегчающая работу по анализу генов-кандидатов (Kulaeva et al., 2017). В 2015 году была получена первая в мире сборка транскриптома азотфиксирующих клубеньков гороха (Zhukov et al., 2015), а в 2020 году получена сборка транскриптома микоризованных корней гороха посевного (Afonin et al., 2020a). В ходе недавних исследований с применением современных технологий секвенирования транскриптомов впервые в мире описаны события альтернативного сплайсинга, характерные для азотфиксирующих клубеньков и микоризованных корней гороха (Зорин и др., 2019; Zorin et al., 2020). Также в недавней работе был осуществлён анализ экспрессии генов при помощи секвенирования транскриптома у суперклубенькообразующих мутантов гороха, в результате чего была продемонстрирована связь системы авторегуляции клубенькообразования с отзывчивостью растений на инокуляцию (Zhukov et al., 2021a).
