• Научная деятельность
• Международное сотрудничество

Международное сотрудничество

Институт имеет многолетние научные связи с учеными из ведущих мировых центров, изучающих растительно-микробные взаимодействия. Данное сотрудничество поддержано многочисленными престижными международными грантами (INTAS, INCO-Copernicus, 7 рамочная программа ЕС, EMBO, DAAD, фонд Гумбольдта, фонд Фольксвагена, Научный департамент НАТО, CRDF).

В настоящее время коллектив участников взаимодействует со следующими научными организациями:

1. Центр Джона Иннеса, Норидж, Великобритания, проф. Николас Бревин (Prof. Nickolas Brewin): сотрудничество в исследованиях клеточных механизмов функционирования симбиотических клубеньков.
2. Центр сельскохозяйственных исследований, лаборатория молекулярных взаимодействий растений и микроорганизмов, Тузуза, Франция, проф. Клэр Гоф (Prof. Clare Gough): сотрудничество в области изучения сигнальных взаимодействий при развитии бобово-ризобиального симбиоза;
3. Университет Тасмании, лаборатория генетики растений, Хобарт, Австралия, проф. Элоиза Фу (Prof. Eloise Foo): сотрудничество в изучении роли фитогормонов в развитии симбиотических клубеньков.
4. Университет Страсбурга, Франция, проф. Леон Оттен (Prof. Léon Otten): сотрудничество в области изучения клТ-ДНК и природно-трансгенных растений.
5. Департамент Наук о растениях и почве, Институт сельскохозяйственных бионаук, Государственный университет Оклахомы, проф. М. Тадеж (Prof. M. Tadege): сотрудничество в области изучения механизмов соматического эмбриогенеза у растений.
6. Департамент клеточной и молекулярной биологии, Косарский университет Бойнорда, Иран, д-р M. Азарахш (Dr. M. Azarakhsh): сотрудничество в области изучения авторегуляции клубенькообразования.
7. Центр синтетической микробиологии, Марбург, Германия, проф.  Анна Беккер (Prof. A. Becker): сотрудничество в области РНК-секвенирование фенотипически различных клональных линий высокоэффективных штаммов клубеньковых бактерий.
8. Институт наук о растениях Париж-Сакле, Париж, Франция, проф. Паскаль Рате и д-р Вероник Грубер (Prof. Pascal Ratet, Dr. Veronique Gruber): сотрудничество в области изучения молекулярно-генетических основ развития симбиотических клубеньков гороха посевного и люцерны слабоусеченной.
9. Компания GenXPro GmbH, Франкфурт-на-Майне, Германия, д-р Питер Винтер (Dr. Peter Winter),сотрудничество  по вопросам изучения экспрессии генов при развитии бобово-ризобиального и арбускулярно-микоризного симбиозов с использованием современных технологий секвенирования следующего поколения, а также генотипирования растений путем секвенирования и использования молекулярных маркеров для селекции растений.
10. Департамент экологии, окружающей среды и наук о растениях, Стокгольмский университет, Швеция, проф. Катарина Павловски (Prof. К. Pawlowski): сотрудничество в области изучения молекулярных основ актиноризного симбиоза, механизмов ветвления корней у Тыквенных.
11. Департамент наук о растениях и почве, Университет Претории, ЮАР, проф. Марион Мейер (Prof. J.J.M Meyer): сотрудничество в области исследования механизмов регуляции баланса фитогормонов в растениях рост-стимулирующими ризосферными бактериями. 
12. Департамент биоорганической химии, Институт биохимии растений Лейбница, Хале, Германия, д-р Андрей Фролов (Dr. Andrei Frolov): сотрудничество в области метаболомных и протеомных исследований симбиотических клубеньков и семян бобовых растений.
13. Факультет биологии, биохимии и физиологии растений, Билефельдский университет, Германия, проф. Карл Диц (Prof. Karl-Josef Dietz): сотрудничество в области изучения устойчивости бобовых растений и их симбиотических систем к тяжелым металлам.
14. Департамент биохимии и микробиологии, Гентский университет, Бельгия, проф. Анн Виллемс (Prof. Anne Willems): сотрудничество в области выявления и характеристики новых видов ризобий.
15. Ланкастерский центр окружающей среды, университет Ланкастера, Великобритания, проф. Ян Дод (Prof. Ian Charles Dodd): сотрудничество в области изучения механизмов позитивного влияния рост-стимулирующих ризосферных бактерий на развитие растений в стрессовых условиях. 
16. Департамент биохимии, Университет Турку, Финляндия, проф. Метца-Кетела (Prof. Metsä-Ketelä): сотрудничество в области изучения микроорганизмов – продуцентов биологически активных веществ.
17. Институт компьютерной биологии, Университет Монпелье, Франция, д-р Андрей Каява (A.V. Kajava): сотрудничество в области изучения прионов.
18. Департамент биологии, Университет Дюка, Дурхам, США, проф. Томас Митчел-Олдс (Prof. Thomas Mitchell-Olds): сотрудничество в изучении генетического разнообразия популяций растений.
19. Центр изучения биологической сложности, Университет Содружества Вирджинии, Ричмонд, США, Проф. Джефри Элхай (Prof. Jeffrey Elhai): сотрудничество в области изучения молекулярных механизмов развития цианобактерий.
20. Восточно-Казахстанский аграрный технический университет, Жангир Хан, Казахстан, Проф. Нурлан Сергалиев Западно-Казахстанский аграрный технический университет им. Жангир хана, Уральск, Казахстан, проф. Нурлан Сергалиев (Prof. N.H. Sergaliev): сотрудничество в области метагеномных исследований почв.
21. Отделение наук о растениях, Исследовательская школа биологии, Австралийский национальный университет, Канберра, Австралия, проф.  Ульрике Матезиус (Prof. Ulrike Mathesius): сотрудничество в области гормональной регуляции клубенкообразования бобовых растений.

Результаты сотрудничества отражены в следующих совместных публикациях:

• Dolgikh A.V., Kirienko A.N., Tikhonovich I.A., Foo E., Dolgikh E.A. The DELLA proteins influence the expression of cytokinin biosynthesis and response genes during nodulation. Frontiers in Plant Science. 2019. 10: 432. IF 4.298, Q1
• Kirienko A.N., Porozov Y.B., Malkov N.V., Akhtemova G.A., Le Signor C., Thompson R., Saffray C., Dalmais M., Bendahmane A., Tikhonovich I.A., Dolgikh E.A. Role of a receptor-like kinase K1 in pea Rhizobium symbiosis development. Planta. 2018. 248:1101-1120. IF 3.347, Q1.
• Azarakhsh M., Kirienko A.N., Zhukov V.A., Lebedeva M.A., Dolgikh E.A., Lutova L.A. KNOTTED1-LIKE HOMEOBOX 3: a new regulator of symbiotic nodule development. Journal of Experimental Botany. 2015 66(22):7181-7195. IF 6.321, Q1.
• Azarakhsh M., Lebedeva М.А., Lutova L.А. Identification and expression analysis of Medicago truncatula isopentenyl transferasegenes (IPTs) involved in nodulation. Frontiers in Plant Science. 2018. 9: 304. IF 4.298, Q1.
• Azarakhsh M, Rumyantsev AM, Lebedeva MA, Lutova LA. Cytokinin biosynthesis genes expressed during nodule organogenesis are directly regulated by the KNOX3 protein in Medicago truncatula. PLoS One. 2020 15(4):e0232352. IF ‎2.776; Q1.
• Matveeva T.V., Otten L. Widespread occurrence of natural genetic transformation of plants by Agrobacterium // Plant Molecular Biology. 2019. 101: 415. IF 3.928; Q1.
• Tvorogova V.E., Fedorova Y.A., Potsenkovskaya E.A., Kudriashov A.A., Efremova E.P., Kvitkovskaya V.A., Wolabu T.W., Zhang F., Tadege M., Lutova L.A. The WUSCHEL-related homeobox transcription factor MtWOX9-1 stimulates somatic embryogenesis in Medicago truncatula // Plant Cell, Tissue and Organ Culture. 2019. 138: 517–527. IF 2.232; Q1. 
• Ivanova K.A., Tsyganova A.V., Brewin N.J., Tikhonovich I.A., Tsyganov V.E. Induction of host defences by Rhizobium during ineffective nodulation of pea (Pisum sativum L.) carrying symbiotically defective mutations sym40 (PsEFD), sym33 (PsIPD3/PsCYCLOPS) and sym42. Protoplasma. 2015. 252(6): 1505-1517. IF 2.327; Q1.
• Tsyganova, A.V., Seliverstova, E.V., Brewin, N.J., Tsyganov V.E. Comparative analysis of remodelling of the plant–microbe interface in Pisum sativum and Medicago truncatula symbiotic nodules. Protoplasma. 2019. 256(4): 983-996. IF 2.327; Q1.
• Tsyganova A.V., Seliverstova E.V., Brewin N.J., Tsyganov V.E. Bacterial release is accompanied by ectopic accumulation of cell wall material around the vacuole in nodules of Pisum sativum sym33-3 allele encoding transcription factor PsCYCLOPS/PsIPD3. Protoplasma. 256(5): 1449-1453. IF 2.327; Q1.
• Tsyganova A.V., Brewin N., Tsyganov V.E. Analysis of epitope distribution of arabinogalactan protein-extensins in pea (Pisum sativum) nodules of wild-type and mutants impaired in infection thread growth. Ecological Genetics. 2019. 17(3): 5-12.
• Румянцева М.Л., Владимирова М.Е., Степанова Г.В., Саксаганская А.С., Мунтян В.С., Кожемяков А.П., Орлова А.Г., Беккер А., Симаров Б.В. Высокоэффективные штаммы клубеньковых бактерий люцерны (Medicagovaria L.): молекулярно-генетическая характеристика и использование в сопряженной селекции // Сельскохозяйственная биология. 2019. Т. 54. №6 С. 1306-1323
• Penttinen P., Terefework Z., Lindstroem K., Greco D., Auvinen P., Muntyan V., Roumiantseva M., De Lajudie P., Becker A. Divergent genes in potential inoculant Sinorhizobium strains are related to DNA replication, recombination, and repair. Journal of Basic Microbiology. 2016. 56(6): 680-685. IF 1.760, Q2
• Magne K, Couzigou JM, Schiessl K, Liu S, George J, Zhukov V, Sahl L, Boyer F, Iantcheva A, Mysore KS, Wen J, Citerne S, Oldroyd GED, Ratet P. MtNODULE ROOT1 and MtNODULE ROOT2 are essential for indeterminate nodule identity. Plant Physiology. 2018. 178(1):295-316. IF 6.305; Q1.
• Zhernakov AI, Shtark OY, Kulaeva OA, Fedorina JV, Afonin AM, Kitaeva AB, Tsyganov VE, Afonso-Grunz F, Hoffmeier K, Rotter B, Winter P, Tikhonovich IA, Zhukov VA. Mapping-by-sequencing using NGS-based 3'-MACE-Seq reveals a new mutant allele of the essential nodulation gene Sym33 (IPD3) in pea (Pisum sativum L.). PeerJ. 2019. 7:e6662. IF 2.353; Q1.
• Ilina E.L., Kiryushkin A.S., Semenova V.A., Demchenko N.P., Pawlowski K., Demchenko K.N. Lateral root initiation and formation within the parental root meristem of Cucurbita pepo: is auxin a key player? Annals of Botany. 2018. 122(5): 873-888. IF  3.454, Q1
• Nguyen T.V., Wibberg D., Vigil-Stenman T., Berckx F., Battenberg K., Demchenko K.N., Blom J., Fernandez M.P., Yamanaka T., Berry A.M., Kalinowski J., Brachmann A., Pawlowski K. Frankia-enriched metagenomes from the earliest diverging symbiotic Frankia cluster: they come in teams. Genome Biology and Evolution. 2019. 11(8): 2273-2291. IF 3.726, Q2
• Zdyb A., Salgado M.G., Demchenko K.N., Brenner W.G, Plaszczyca M., Stumpe M., Herrfurth C., Feussner I., Pawlowski K. Allene oxide synthase, allene oxide cyclase and jasmonic acid levels in Lotus japonicus nodules. PLoS ONE. 2018. 13(1), e0190884. IF 2.776, Q2.
• Demina I.V., Maity P.J., Nagchowdhury A., Ng J.L.P., van der Graaff E., Demchenko K.N., Roitsch T., Mathesius U., Pawlowski K. Accumulation of and response to auxins in roots and nodules of the actinorhizal plant Datisca glomerata compared to the model legume Medicago truncatula. Frontiers in Plant Science. 2019. 10, 1085. IF 4.106, Q1.
• Tsukanova K.A., Chebotar V.K., Meyer J.J.M., Bibikova T.N. Effect of plant growth-promoting Rhizobacteria on plant hormone homeostasis.  South African Journal of Botany. 2017. 113: 91-102. IF 1.504, Q2.
• Mamontova T.,  Afonin, A. M., Ihling, C., Soboleva, A., Lukasheva, E., Sulima, A. S., Shtark O., Akhtemova G., Povydysh M., Sinz A.,  Frolov, A., Zhukov V., Tikhonovich I.  Profiling of seed proteome in pea (Pisum sativum L.) lines characterized with high and low responsivity to combined inoculation with nodule bacteria and arbuscular mycorrhizal fungi. Molecules. 2019. 24(8) 1603. IF  3.06, Q2.
• Belimov A.A., Malkov N.V., Puhalsky J.V., Tsyganov V.E., Bodyagina K.B., Safronova V.I., Dietz K.-J., Tikhonovich, I. A. The crucial role of roots in increased cadmium-tolerance and Cd-accumulation in the pea mutant SGECd^t . Biologia Plantarum. 2018. 62(3): 543-550. IF 1.384, Q2.
• Safronova, V.I., Kuznetsova, I.G., Sazanova, A.L., Belimov, A.A., Andronov, E.E., Chirak, E.R., Osledkin, Y.S., Onishchuk, O.P., Kurchak, O.N., Shaposhnikov, A.I., Willems, A., Tikhonovich, I.A. Microvirga ossetica sp. nov., a species of rhizobia isolated from root nodules of the legume species Vicia alpestris Steven. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2017. 67(1) 001577. IF 2.166, Q2.
• Raheem A., Shaposhnikov, A.I., Belimov A.A., Dodd I.C. Ali B. Auxin production by rhizobacteria was associated with improved yield of wheat (Triticum aestivum L.) under drought stress. Archives of Agronomy and Soil Science. 2018. 64(4): 574-587.  IF 1.681, Q2.
• Yamada K., Koroleva A., Laughlin M., Oksanen N., Akhgari A., Safronova V., Yakovleva E., Kolodyaznaya V., Buldakova T., Metsä-Ketelä M. Characterization and overproduction of cell-associated cholesterol oxidase ChoD from Streptomyces lavendulae YAKB-15. Scientific Reports, 2019, 9: 11850. IF 4.011, Q1.
• Danilov LG, Matveenko AG, Ryzhkova VE, Belousov MV, Poleshuk OI, Likholetova DV, Sokolov PA, Kasyanenko NA, Kajava AV, Zhouravleva GA,  Bondarev SA. Design of a New [PSI+]-No-More Mutation in SUP35 With Strong Inhibitory Effect on the [PSI+] Prion Propagation. Frontiers in Molecular Neuroscience. 2019. 12, 274. IF 3.72, Q2.
• Bondarev, S.A.; Antonets, K.S.; Kajava, A.V.; Nizhnikov, A.A.; Zhouravleva, G.A. Protein Co-Aggregation Related to Amyloids: Methods of Investigation, Diversity, and Classification. // International Journal of Molecular Sciences. 2018. 19, 2292. IF 4.183, Q2.
• Kliver S., Rayko M., Komissarov A., Bakin E., Zhernakova D., Prasad K., Rushworth C., Baskar R., Smetanin D., Schmutz J., Rokhsar D.S., Mitchell-Olds T., Grossniklaus U.,  Brukhin V. Assembly of the Boechera retrofracta genome and evolutionary analysis of apomixis-associated genes.  Genes. 2018. 9(4), 185. IF 3.331, Q2.
• Elhai J., Khudyakov I.Y. Ancient Association of Cyanobacterial Multicellularity with the Regulator HetR and an RGSGR Pentapeptide‐Containing Protein (PatX).  Molecular Microbiology. 2018. 110(6): 931-954. IF 3.649, Q1.
• Pershina E.V., Ivanova E.A., Korvigo I.O., Chirak E.L., Provorov N.A., Andronov E.E., Abakumov E.V., Sergaliev N.H. Investigation of the Core Microbiome in Main Soil Types from the East European Plain. The Science of the Total Environment. 2018. 631: 1421-1430. IF 5.589. Q1.