ФГБНУ ВНИИСХМ
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии"
- Версия для слабовидящих
Сроки обучения
с 01.09.2024 г. по 31.08.2028 г.
Реквизиты приказа о зачислении в аспирантуру
Приказ № 238-лс от 30.08.2024 г.
Форма обучения
бюджетная, очная
Научная специальность
1.5.11 – микробиология
Научный руководитель
к.б.н. Антонец К.С.
Тема диссертации
«Токсический потенциал кристаллических белков Bacillus thuringiensis на наземных улиток Ленинградской области»
(Утверждена на Ученом совете 16.10.2024 г. Протокол № 7)
Лаборатория
Лаборатория протеомики надорганизменных систем №7
Образование
Санкт-Петербургский государственный университет, 2024 год.
Специальность по диплому
Магистр «Биоинформатика»
Область научных интересов
Генетика бактерий, механизмы вирулентности прокариот, функциональная геномика, анализ и интерпретация омиксных и больших данных.
Список статей
1) 2024 г. Тезисы в Сборнике Трудов XI Международной научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2023». Сборник включен в РИНЦ. Функциональный анализ молекулярных маркеров туберкулезной инфекции методом РНК-секвенирования клеток периферической крови человека. Морозов К.В., Шматов Ф.М., Шипулин Г.А., Черняева Е.Н. (https://clck.ru/3BAzkz).
2) 2020 г. Тезисы конференции «Ломоносов 2020». Роль БТШ70 в адаптации к изменению факторов среды у глубоководных байкальских амфипод Ommatogammarus flavus. Широкова Ю.А., Мадьярова Е.В., Шматов Ф.М. (https://clck.ru/3BB2fT).
3) 2020 г. Shirokova, Y. A., Madyarova, E. V., Shatilina, Z. M., Shmatov, F. M., & Timofeyev, M. A. Reaction of inducible hsp70 form on different environmental conditions in Ommatogammarus flavus. LimnologyandFreshwaterBiology, 816-817 (https://clck.ru/3BB2d8).
Профессиональные навыки
1) Классические микробиологические методы: приготовление разведений и рассев суспензии м/о, выделение чистых культур м/о, приготовление мазков и микроскопических препаратов, окраска, микроскопирование, приготовление питательных сред, подбор условий культивирования, идентификация прокариот (включая изучение и описание морфологической характеристики, культуральных свойств, тинкториальных признаков, физиолого-биохимических признаков, серологических свойств, хемотаксономических признаков и геномных характеристик штаммов и видов), количественный учет м/о, определение чувствительности м/о к антибиотикам.
2) Молекулярно-генетические методы: MLVA-типирование, Real-time ПЦР, выделение ДНК (фенол-хлороформный метод и на основе спин-колонок), метод получения и анализа плазмидного профиля (горизонтальный электрофорез), подготовка библиотек ДНК, проведение полногеномного секвенирования на платформе Illumina Mi Seq.
3) Биоинформатические методы:
Геномика: a) сборка генома: проверка качества сырых ридов (FastQC), фильтрация и очистка (trmmomatic, fastp), сборка генома de novo (SPAdes), картирование на референс от англ. alignment to reference (BWA, Bowtie 2); b) аннотация генома: определение и маскировка повторяющихся последовательностей генома (RepeatMasker), функциональная аннотация и предсказание генов эукариот ab initio (AUGUSTUS), аннотация прокариотических геномов (Prokka, RAST). Определение этнического происхождения по мтДНК (James Lick's mtHap), определение гаплогруппы по Y-хромосоме (MorleyDNA.com Y-SNP Subclade Predictor); c) SNP: вариантный анализ от англ. variant calling (samtools и VarScan), аннотация SNP и поиск клинически значимых вариантов нуклеотидной последовательности (Ensembl Variant Effect Predictor); d) геномная визуализация: Unipro UGENE, IGV; e) работа c базами данных: NCBI (Gene, Genome, dbVar, ClinVar), SNPedia, KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, GWAS Catalog, ConsensusPathDB, Ensembl, GeneCards: The Human Gene Database, EMBL-EBI.
Транскриптомика:a) общий рабочий процесс: загрузка транскриптомных данных из хранилища функциональной геномики NCBI GEO с помощью пакета FasterQdump. Работа с сырыми данными: FastQC, fastp, MultiQC. Псевдовыравнивание (Kallisto). Выявление ДЭГ (пакет DESeq2, а также статистическая обработка и визуализация volcano plot); b) функциональный анализ генной экспрессии: анализ перепредставленности (over-representative analysis). Анализ обогащения по функциональной принадлежности (gene set enrichment analysis); c) анализ мастер-регуляторов. Поиск транскрипционных факторов. Поиск вышележащих мастер-регуляторов.
Протеомика:прогнозирование субклеточной локализации белков (WoLF PSORT и TargetP). Поиск ортологических белков методом локального выравнивания NCBI BLAST. Предсказание функции белков по доменам (hmmscan на основании базы Pfam). Базы данных: UniProtKB, Swiss-Prot.
Метагеномика: подготовка и анализ качества данных, получение таблицы ASV с использованием пайплана dada2/qiime2, расчет индекса биоразнообразия, анализ на специфические таксоны (LefSE) и др. с помощью MicrobiomeAnalyst и кастомных скриптов в R.
Визуализация: базовая визуализация биологических данных, тепловые карты, сети и графы, геномные и хромосомные карты, сводные статистические визуализации, PCA.
Языки программирования: Python (включая анализ данных с помощью библиотек numpy и pandas), R (обработка и визуализация данных), работа с командной строкой и базовый уровень владения Bash, SQLite и работа с базами данных.
Рабочий учебный план
Блок 1- «Научные исследования»
«Научно-исследовательская работа» (7740/215 з.е.)
Блок 2- «Дисциплины»
- Обязательные дисциплины
«История и философия науки» (144/4) -
«Иностранный язык» (144/4)-
Английский язык (72/2)-
«Педагогика и психология высшей школы» (108/3) -
«Микробиология» (108/3)-
- Факультвтивные дисциплины по выбору:
«Метагеномика растительно-микробных систем» (108/3)
«Биотехнология агроценозов» (108/3)
- Практика (72/2)
Блок 3- «Итоговая аттестация»
-Подготовка и оформление диссертации к защите (288/8)
-Оценка диссертации на предмет ее соответствия критериям, установленным в соответствии с ФЗ "О науке и государственной научно-технической политике (36/1)
Кандидатские экзамены
История и философия науки (144/4)
Английский язык (144/4)
Микробиология (108/3)
